抱歉：由于我不知道讨论/提供有关改进请求的反馈的渠道，因此我将在这里提出我的问题。请随时指出一个更好的地方！@DataTx指出这“完全不清楚，不完整或存在严重的格式化问题”。由于我看不到任何大的格式设置问题（:-)，因此对于在此处为提高清晰度或完整性所期望的内容以及为何此处的内容不可行而提供的更多指导会很有用。
在R中适合分层（或者“混合”或“多级”）线性模型的主要软件包是nlme（较旧）和lme4（较新）。这些包装在许多次要方面有所不同，但通常应导致非常相似的拟合模型。
library(nlme) library(lme4) m1.nlme <- lme(Reaction~Days,random=~Days|Subject,data=sleepstudy,method="REML") m1.lme4 <- lmer(Reaction~Days+(Days|Subject),data=sleepstudy,REML=TRUE) all.equal(fixef(m1.nlme),fixef(m1.lme4)) ## [1] TRUE
需要考虑的差异：
公式语法略有不同
nlme是（仍然）稍好记录（如皮涅罗贝茨2000在S-PLUS混合效应模型;然而，看到贝茨等人2015年杂志统计软件/vignette("lmer",package="lme4")对lme4）
lme4 更快，可以更容易地拟合交叉随机效果
nlme提供线性混合模型的开箱即用的p值，lme4需要附加软件包，例如lmerTest或afex
nlme 允许对异方差或残差相关性进行建模（在空间/时间/系统发育上）
非官方的GLMM FAQ提供了更多信息，尽管它侧重于广义线性混合模型(GLMM)。